O Museu Municipa está instalado na Fundação Casa da Cultura e abrange os seguintes setores:
Setor de Antropologia: O Setor de Antropologia do Museu Municipal de Marabá foi criado em 1984 com a Casa da Cultura de Marabá, tendo O GEM – Grupo Espeleológico de Marabá realizado grande parte da coleta dos materiais existentes no setor. No início haviam apenas 112 peças, no entanto hoje existem mais de 4.000 artefatos, que se distribuem em: Artesanato Indígena, Artesanato Regional, Filatelia, Numismática, Casa do Castanheiro e Quadros das Lendas Regionais. A preservação e a divulgação da cultura são as principais preocupações do setor de Antropologia que vem cuidadosamente estudando, resgatando e preservando as raízes. O acervo do Setor conta com aproximadamente 2.300 peças entre o artesanato regional e peças de interesse histórico. No setor há também venda de artesanato regional.
O Grupo Espeleológico de Marabá, foi fundado em 08 de agosto de 1989, com o objetivo de descobrir, explorar, documentar e preservar as cavidades geológicas naturais, cachoeiras e estruturas miniformes da região. Durante os anos de atuação, o Grupo fez importantes descobertas, principalmente na Serra das Andorinhas, no município de São Geraldo do Araguaia-PA, onde explorou e documentou em conjunto com a Fundação Casa da Cultura de Marabá e Fundação Serra das Andorinhas, até o ano de 2000, muitas cavidades, cachoeiras e sítios arqueológicos.
Setor de Botânica: Suas atividades se baseiam na coleta e sistematização, para estudo e exposição do potencial florístico regional. O acervo do setor é formado por 1.500 amostras de plantas exóticas, principalmente orquídeas, amostras de fungos, além de mostras de plantas com uso medicinal. O Setor desenvolve pesquisas na Serra das Andorinhas, Paleo Canal do Tocantins e Serra de Buritirama. Assim como apóia as atividades da SOM (Sociedade de Orquidófilos de Marabá) e é responsável pela manutenção do orquidário Margaret Mee que atualmente conta com várias espécies de orquídeas da região para apreciação pública. Foram registradas 94 espécies de orchidaceae distribuídos em 50 gêneros. O gênero com maior número de representantes é o Epidrendum com 11 espécies.
Setor de Geologia: As atividades desenvolvidas por este setor são diversificadas, abrangendo trabalhos de campo, análise, classificação, registro, acondicionamento de rochas e minerais, elaboração de exposições temporárias e permanentes. O acervo é de, aproximadamente, 700 amostras de rochas e minerais da região. Até o presente momento, o setor nomeou e plotou no mapa da área de pesquisa 33 lagos, onde destacam-se o Lago Preto, que é o maior e mais profundo da área, e o lago do Deserto, que é o mais largo.
Setor de Arqueologia: O Núcleo Arqueológico de Marabá desenvolve atividades de estudos relativos a vestígios das populações pré-históricas da região. Possuem um acervo constituído de peças de cerâmicas, objetos líticos (objetos elaborados em rocha), informações sobre sítios arqueológicos (locais de habitação de grupos pré-históricos), além de reprodução de inscrições rupestres. Tem atualmente 220 sítios arqueológicos descobertos e mapeados, 1229 peças líticas, 4.289 cerâmicas, 5.500 figuras rupestres documentadas e 258 materiais orgânicos. O setor tem o apoio e orientação do Museu Paraense Emílio Goeldi, em relação ao treinamento dos técnicos e identificação do material, através de convênio.
Setor de Zoologia: Iniciou suas atividades em 1984, com o empréstimo da coleção de 224 vertebrados e 2 mil invertebrados coletados na região, pertencentes ao biólogo Noé Von Atzingen. Hoje dispõe de um acervo bastante ampliado. Foram identificados até o momento 281 espécies de vertebrados assim divididos:
173 aves, entre ela uma chamada Guraruba.
27 mamíferos, sendo que cinco espécies constam na lista dos animais ameaçados de extinção do IBAMA: macaco-prego, macaco cuxiu, cachorro-do-mato, gato-maracajá-pequeno e onça parda
18 répteis: 07 répteis-squarnata; 06 répteis-ophidia; 03 répteis-chelonia e 1 jacaré-açú.
63 peixes;
03 anuros.
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